それTrampならできるよ。 デフォルト(ソースからビルド)の状態で (require 'tramp)で完了。 あとはC-x C-fで/ssh2:user@serverでつながる。 参考：coding my life : Emacsでリモートファイルを編集

eclipse初心者なので意味不明なところでつまずいた http://www.atmarkit.co.jp/fjava/rensai2/eclipse02/eclipse02.html ここに書いてある通りにディレクトリに追加して｢フォルダを追加｣で完了